要获得推动七岛剧情的关键宝石，需要依次取得红宝石与蓝宝石，并将其交给特定的研究员。整个流程始于三周目升级图鉴后，前往火焰山岛屿的山洞取得红宝石，以此开启七岛的冒险，最终在解决火箭队的事件后集齐两枚宝石，修复通讯功能。
获取流程的第一步是拿到前往七岛的资格。玩家需要先将图鉴升级，之后前往有火焰山的岛屿。到达后，进入岛屿右边的山洞，在洞内可以找到一颗红宝石。拿到红宝石后，返回一之岛并将其交给大木博士，作为交换，博士会给予玩家船票，这样就能乘船前往其他岛屿，开启七岛的冒险旅程。
获得船票后，红宝石的具体获取地点在六之岛。玩家需要乘船前往六之岛，并到达该岛南边的绿色小径，使用居合斩技能砍开洞穴入口，进入点之穴。这个洞穴是一个迷宫，正确的走法是先跳入面前的洞，然后依次选择最上方、左边、右边和下方的洞口，按照这个顺序便能到达洞穴深处，找到并获取红宝石。
另一枚关键道具蓝宝石的获取过程则更为曲折，涉及多个岛屿。蓝宝石位于五之岛的火箭队仓库密室里，但需要密码才能进入。密码的线索在六之岛获得，玩家需要先前往六之岛北部的遗迹山谷，穿过变化洞穴，在洞内会触发剧情，得知蓝宝石的下落，同时从火箭队成员那里听到一串密码。带着密码飞往五之岛最右侧的火箭队仓库，输入密语即可打开暗门。
进入火箭队仓库后，需要击败里面巡逻的火箭队成员，建议提前准备好恢复药剂。在仓库最深处，会遇到之前抢走蓝宝石的科学家，战胜他才能成功夺回蓝宝石。红宝石与蓝宝石均以入手。
拿到两块宝石后，最终的步骤是返回一之岛的宝可梦中心，将红宝石和蓝宝石交给那里的研究员。完成这个交付任务后，机器得以修复，游戏便能解锁关都地区与七岛之间的完整通讯功能，七岛的所有区域也随之可以自由探索。
