通关一周目后，读取存档即可进入二周目，开始地点是自家门前。大木博士会询问图鉴收集情况，若已捕获60种以上宝可梦，图鉴将升级至全国图鉴模式。这一阶段的核心目标是探索七岛剧情、挑战强化版四天王以及捕捉新增神兽。二周目保留了基础操作机制，但新增了通信联机功能，可与宝石版交换丰缘御三家等特殊宝可梦。
从枯叶市乘船至一岛，与网络中心NPC对话得知需要红宝石修复系统。在灯火山洞穴击败火箭队成员后取得红宝石，交还后获得彩虹通行证，解锁七岛航行权限。随后需前往五岛火箭队仓库获取蓝宝石，途中需破解冰洞机关并击败守卫。这一过程需合理使用HM技能如碎岩、攀瀑，并注意随时保存进度以防意外战斗失败。
四岛可从小茂处获得波克比蛋，需确保队伍首位宝可梦亲密度高且有空位。六岛的记号森林栖息着赫拉克罗斯等稀有虫系宝可梦，变化洞窟则需刷卡器才能捕捉特殊种类。七岛训练师之塔提供高强度对战，适合提升队伍等级。华蓝洞窟最深处藏有LV70超梦，建议携带恶系或幽灵系宝可梦应对其超能力属性。
最终需再次挑战强化版四天王，其队伍等级提升至LV63-72。冰天王科拿的乘龙与迷唇姐具备强力冰系技能，龙天王的快龙则需用冰系招式克制。战斗前建议将主力宝可梦练至75级左右，并携带充足恢复道具。完成全部剧情后，可继续收集全国图鉴或通过通信功能完善宝可梦阵容，至此二周目核心流程结束。
二周目整体难度较一周目显著提升，需注重队伍属性平衡与技能搭配。神兽捕捉时建议提前存档并针对性调整战术，通信交换能进一步丰富玩法深度。该阶段充分展现了原作隐藏内容的设计诚意，值得玩家耐心探索。
